20世纪末和21世纪初，内江铁路机械学校面临的形势发生剧烈变化：1999年国家实行大学扩招政策，成都铁路局开始改革劳动用工制度，学校的定向招生计划逐年锐减，同时招收定向生和非定向生；2002年停止招收定向生，铁路局招录职工变为在各铁路职业学校毕业生中择优录用。由此，学校的毕业生不再有“铁饭碗”，必须与其他铁路学校的毕业生竞争。

定向招生的减少和停止，使学校不得不进入生源市场参与激烈的招生竞争。非定向生又称并轨生，生源质量相较于定向生大幅下滑，生源以四川为主，兼有重庆、贵州、云南。学校凭借良好的历史声誉，招生人数继续逐年增加，导致校舍严重不足。1999年学校开设了两个校外教学点（内江锻压厂、内江建材厂教学点），2002年在校生达到3000余人。2002年停办内江建材厂教学点，2009年停办内江锻压厂教学点。

学校在毕业生就业上除了保持与成都铁路局的联系外，积极向铁路工程局、地方铁路和铁路工厂拓展（如：铁通公司、中铁一局、中铁二局、中铁十二局、中铁十七局、中铁二十局、朔黄铁路、广梅汕铁路、广西沿海铁路、成都机车车辆厂等），并向地方企业拓展，在铁路企业就业的毕业生约下降一半，基本适应了形势的急剧变化。

与此同时，学校面临一个重大机遇：全国各个重点中专学校掀起兴办高职学院的热潮。与学校同时期成为国家级重点中专的学校，基本上都在这段时间升为了高职学院（成都航空工业学校、四川省建筑工程学校、郑州铁路机械学校、广州铁路机械学校、天津铁路工程学校……），或者并入了本科院校（南昌铁路机械学校、兰州铁路机械学校……）。由于升为高职学院后就要脱离成都铁路局，学校上下犹豫，错失了这个机会。随后国家对中专升高职逐步收紧，基本冻结。由此，学校与一些曾经并跑的兄弟学校慢慢拉开了距离。一步慢，步步慢。

2001年11月，学校发展再次迎来转机：原成都铁路运输学校副校长李青锋调来学校任校长、党委副书记。

李青锋也是从教师成长为领导干部的。他上任当月，就推动建立物资采购公示制度。一次性采购金额超过1万元的必须有校纪委全程参与和监控；1000元以上的物资采购必须在财务室填写《物资采购公示表》后才能报销，内容涉及采购部门、采购人、验收人、监采人、物资品名、规格、数量、单价、总价、用途、供货商等详细内容。每季度将物资采购公示表在校务公开栏上公布一次，增强了物资采购的透明度，预防了违规事件的发生，也消除了教职工的猜疑，增强了学校的凝聚力。以此为突破口，廉政之风骤然收紧。次年又清理小金库，全面杜绝了各部门的小金库，依法处理了一名有贪污行为的股级干部，使廉洁从政逐渐成为各级干部的自觉。

内江校区自1960年成立以来，一直存在一个老大难问题：校园没有完整的围墙。经过历任校领导努力，建起了部分围墙，但一些围墙刚建起就被人挖出缺口。如此反复，至2001年除大门外仍有五处缺口无法封闭，封闭式管理难以彻底实现。周围村民可以自由进出校园，扛着锄头斜穿操场，在夏秋季到操场上晾晒玉米、稻谷，喂鸡喂鸭，还可以赶着牛车在校园内自由穿行，随意撒下牛粪。校园周边布满网吧、电子游戏厅、歌舞厅、台球室、麻将室等，学生与村民、无业人员的冲突时有发生，师生对此反应十分强烈。

2001年12月12日，学校取得内江市市中区社会治安综合治理委员会、市中区公安分局等部门的支持，开始封闭校园围墙施工，对五处缺口进行封闭，开始实行彻底的封闭式管理。这次封堵围墙取得历史上从未有过的顺利，封口再也没有受到破坏，原来的种种乱象消失，校园风貌焕然一新。

以上几件事让全校教职工精神一振，出现了上下齐心的新局面。人心齐，事事顺——

2002年7月，学校被国务院三部委再次表彰为“全国职业教育先进单位”。两次获此荣誉，四川省的中专学校仅此一家。2002年11月，学校财务工作受到铁道部通报表扬，李青锋赴北京参加全路财务规范化管理推进会，向大会作了经验介绍。

2002年12月，学校争取到成都铁路局的支持，开始在老食堂、浴室原址建设新实验楼、职工培训住宿楼。

这是校领导在项目奠基仪式上的合影。

2004年这两栋楼落成，成为内江校区最好的校舍，见下图右侧。学校接待铁路职工培训的能力大幅增强，学校面貌迅速改观。

2003年，在国家级重点中专复核遴选中，学校名列全省第一名；学校领导班子被成都铁路局党委表彰为“好班子”；学校工会被中华铁路总工会表彰为“模范职工之家”；李青锋出席全国职业教育工作会议，受到国务院总理朱镕基接见。